海淀区自实行新型农村合作医疗制度来，参合人数和参合率稳步提高，该区2007年共有95576人参加新型农村合作医疗，参合率达到90.2%。2007年新型农村合作医疗资金运行情况体现两个特点，一是区财政投入成倍增加，体现了政府关注民生，关心农民，坚决办好新型农村合作医疗制度的决心；二是各乡镇住院报销标准不断提高，报付率提高，达到北京市提出的不低于40% 的要求。 

今年起，海淀区新型农村合作医疗将从原来的乡镇统筹正式转变为区级统筹，建立两级监管的新型农村合作医疗制度。新型的农村合作医疗将由区和乡镇两级监管，监管资金筹集、定点医院、是否按规定报销、转诊流程是否符合相关规定等内容。区政府投入资金由2007年人均110元今年增加至今年人均300元，住院报付率从40%提高到50%，门诊报销实现全覆盖。实行区级统筹后，还将实现“六个统一”，即新农村合作医疗制度体系统一、资金筹集及报销标准统一、定点医疗机构和住院报销范围统一、补偿审核流程统一、新农合证件票据统一、信息管理系统统一。