由于长期应用广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂、化疗或放疗后以及AIDS患者，深部真菌感染近年来逐渐增多。深部真菌感染现在称系统性真菌感染。肺部真菌感染是最常见的系统性真菌感染。
长期中性粒细胞低下、广谱抗生素的应用、器官移植、接受免疫抑制剂及大剂量激素治疗者若出现不明原因长期发热应警惕系统性真菌感染，对这一类患者应多取痰、尿、血、胸水等标本作涂片直接镜检(基层医院都具备)，有条件者进一步做真菌培养。一旦临床上高度怀疑有系统性真菌感染，无论实验室回报结果是否阳性，均应立即给予抗真菌治疗。抗真菌感染治疗疗程普遍较抗细菌感染疗程为长，而有些抗真菌药副作用较大，部分病人不能耐受以至治疗中断而失败。
真菌的孢子极易被吸入而致敏，致敏机体再吸入真菌物质，可引起表现为支气管哮喘的过敏性肺泡炎，病程迁延。
［显示］ 真菌的孢子极易被吸入而致敏，致敏机体再吸入真菌物质，可引起表现为支气管哮喘的过敏性肺泡炎，病程迁延。
［隐藏］病理性质改变可有过敏、化脓性炎症反应或形成慢性肉芽肿。X线表现无特征性，可为支气管肺炎、大叶性肺炎、弥漫性小结节，乃至肿块阴影。诊断有赖于培养结果的真菌形态辨认。
［显示］ 病理性质改变可有过敏、化脓性炎症反应或形成慢性肉芽肿。X线表现无特征性，可为支气管肺炎、大叶性肺炎、弥漫性小结节，乃至肿块阴影。诊断有赖于培养结果的真菌形态辨认。
［隐藏］临床所见真菌肺炎尤其多数继发于广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂的长期应用。亦可因体内留置导管而诱发。因此，合理应用抗生素、糖皮质激素，防止医院内感染等综合性预防措施尤为重要。
［显示］ 临床所见真菌肺炎尤其多数继发于广谱抗生素、糖皮质激素、免疫抑制剂的长期应用。亦可因体内留置导管而诱发。因此，合理应用抗生素、糖皮质激素，防止医院内感染等综合性预防措施尤为重要。
［隐藏］ 1、避免长期应用抗生素、激素或免疫抑制剂等。
2、静卧休息，高热量、高蛋白。
引起病变的决定因素是真菌的毒力、数量与侵入途径。真菌胞壁中的酶类亦参与促进感染与侵入宿主细胞的作用。有的真菌具有抗吞噬能力及致炎成分，如新型隐球菌有宽厚的多糖荚膜，可抵抗吞噬细胞的吞噬。有的真菌对机体的不同器官有倾向性的侵袭作用，如曲霉菌易侵犯人的呼吸道，隐球菌易侵犯脑膜。健康人对真菌有天然的高度抵抗力，体液免疫及细胞免疫均在感染中发挥作用。
有些真菌感染有地理区域特点，与真菌的特有生态使当地居民对其产生易感性有关。而生活习性、居住工作环境能亦有一定影响，如居住于潮湿发霉的房屋、经常接触带有真菌滋生、不满尘埃的物品，诸如草绳、木料、纸张、垃圾、腐烂的植物、种子以及鸟类的粪便、土壤等，均可能感染真菌。
真菌多在土壤生长，孢子飞扬于空气中，可能被吸入肺部引起肺真菌感染（外源性），如曲菌、奴卡菌、隐球菌、荚膜组织胞浆。有些真菌为口腔寄生菌，当集体免疫力下降时可引起肺部感染，例如念珠菌为口腔、皮肤、肠道及阴道的寄生菌，放线菌为口腔龋齿寄生菌，此类均为继发性肺部真菌感染。静脉高营养疗法的中央静脉插管如留置时间过长，高浓度葡萄糖虽不适合细菌生长，易致念珠菌败血症。